Варп нестабилен и похож на бурное море. Иногда целые области варпа оказываются охвачены бушующими приливами энергий, исключающими перемещение кораблей по этим местам. В результате звёздные системы и целые регионы могут быть отрезаны от Империума на неопределённый срок (известны случаи варп-штормов, продолжающихся столетиями и тысячелетиями). Достаточно мощные варп-штормы могут оказывать влияние на реальный мир, искажая реальность в местах своей активности.
Варп-шторм не только затмевает сигнал Астрономикона, но и угрожает космическим судам, чей путь лежит неподалеку. Ни одно судно не может войти в варп-шторм и надеяться выйти, хотя ходят слухи о чудесных спасениях и о судах, выброшенных за десятки тысяч световых лет от своего курса.
Наиболее мощные из варп-штормов окружают места, где варп прорывается в реальный мир. Око Ужаса является самым крупным и известным примером подобного места, однако мощные варп-штормы имеются во многих местах галактики — например, Мальстрим, Врата огня или Шторм Магнуса возле Просперо.
